In der Petrikirche sind heute drei Kirchengemeinden zu Hause.
- Die Evangelisch-Lutherische Innenstadtgemeinde Rostock (Zusammenschluss der früheren Rostocker Kirchengemeinden Petri-Nikolai, Jacobi und Marien).
- Die Evangelische Studentengemeinde Rostock (im Untergeschoss des Südschiffes)
- Die Evangelische Jugendkirche Rostock (im Obergeschoss des Südschiffes)
Die aktuellen Gottesdienstzeiten stehen auf der Webseite der Innenstadtgemeinde.
Sonntags von 12.30 bis 15.00 Uhr treffen sich geflüchtete, v.a. syrische Christen im Gustav-Adolf-Saal/Jugendkirche zum Immanuel-Gesprächskreis, der allen offen steht. Einheimische Gemeindemitgliedern und Menschen aus unserer Stadt sind herzlich eingeladen.